Jednostka została sformowana 1 lipca 2011 roku, w garnizonie Gliwice, na bazie rozwiązanego Oddziału Specjalnego Żandarmerii Wojskowej w Gliwicach. Agat jest w założeniu lekką jednostką szturmową o charakterze powietrznodesantowym jak 6 Brygada Powietrznodesantowa, wykonującą akcje bezpośrednie w ugrupowaniu i na tyłach przeciwnika. Gliwicka jednostka WS ma być "kuźnią kadr" dla żołnierzy, którzy w przyszłości, jeśli się sprawdzą, będą mogli przejść do innych jednostek Wojsk Specjalnych